Прогресс-М1 это грузовой космический корабль в который, в соответствии с программой развёртывания и эксплуатации МКС, введены изменения в компоновку, конструкцию, состав приборов и режимы работы бортовых систем. Основная цель изменений — увеличение количества топлива в общей массе доставляемых на МКС грузов, что обеспечивается за счёт установки в отсек компонентов дозаправки (ОКД) восьми топливных баков. Кроме того, существенно расширен состав связей ТКГ с бортовыми системами российского сегмента МКС по силовым и командным электрическим цепям и телеметрии.

Негерметичный ОКД претерпел следующие изменения:

Удалены баки водяной системы «Родник». Вместо баков «Родника» установлены дополнительные баки системы дозаправки топливом СД8. Дозаправка орбитальной станции (ОС) осуществляется вытеснением компонентов топлива сжатым газом (гелием) через герметичные гидроразъёмы на стыковочных агрегатах ОС и ТКГ, при этом: Максимальный расход окислителя через магистрали увеличен до 0,35 л/с (в 2,33 раза больше чем на предыдущей модификации ТКГ). Система СД8, «сухой» массой 635 кг, позволяет подавать топливо, как в баки двигательной установки служебного модуля (СМ) МКС, так и функционально-грузового блока, в коллекторы подсистем причаливания и ориентации ТКГ и коллекторы двигателей ориентации СМ. Возможна обратная передача топлива из ДУ СМ в коллекторы ТКГ. Снаружи ОКД размещены 12 баллонов с кислородом и азотно-кислородной смесью Аппаратурный состав изменился следующим образом: Вместо БЦВК «Аргон-16» введён новый комплекс. В автономную систему навигации введена аппаратура ГНСС ГЛОНАСС/GPS. Установлена новая аппаратура сближения «Курс-ММ» позволяющая проводить измерение параметров относительного движения для причаливания и стыковки с расстояния не менее 1 км. Установлена новая аппаратура командной радиолинии «Регул», использующая спутники-ретрансляторы. Межбортовая радиосвязь «в узком конусе» возможна на дальности в 30 км, при произвольной ориентации — с 3 км.

В систему управления движением (СУД) введены следующие изменения:

установлено новое программное обеспечение БЦВК, в котором реализованы схемы безопасного автоматического сближения, перехода в зону причаливания и самого причаливания. реализованы динамические режимы управления орбитальной станцией. введено устройство сопряжения, преобразующее информацию поступающую с МКС по цепям межмашинного интерфейса в команды релейного типа, что позволило включать со станции двигатели ТКГ для создания управляющих моментов.

Таким образом, изменения в СУД позволили реализовать управление ориентацией станции с помощью двигателей причаливания и ориентации (на «Прогрессе-М1» — 27 штук) или сближающе-корректирующего двигателя по единой программе от бортового комплекса управления МКС.