7 июля 2016 года в 4:36 мск с «Гагаринского старта» космодрома БАЙКОНУР успешно стартовала ракета-носитель «Союз-ФГ» с первым транспортным пилотируемым кораблем (ТПК) новой серии «Союз МС». На борту ТПК «Союз МС» члены длительной экспедиции МКС-48/49 космонавт РОСКОСМОСА Анатолий ИВАНИШИН, астронавт ДжАКСА Такуя ОНИШИ и астронавт НАСА Кэтлин РУБИНС.
Через 9 минут с момента старта ТПК «Союз МС» отделился от третьей ступени ракеты-носителя, и специалисты Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полетами (ЦУП) приступили к управлению его полётом. Программой полета космического корабля новой серии предусмотрена двухсуточная схема сближения ТПК с МКС. Стыковка корабля со станцией запланирована на 9 июля 2016 года в 7:12 мск.
Во время предстартовой пресс-конференции, командир корабля, космонавт РОСКОСМОСА Анатолий ИВАНИШИН пояснил, что первый полёт «Союза МС» - испытательный, поэтому выбрана классическая двухсуточная 34-витковая схема сближения с МКС, которая более надежна и подходит для отработки систем корабля.
Сближение корабля «Союз МС» со станцией и причаливание к исследовательскому модулю «Рассвет» (МИМ1) планируется проводить в автоматическом режиме под контролем специалистов по управлению полетом в ЦУП и российских членов экипажа МКС Алексея ОВЧИНИНА и Олега СКРИПОЧКИ.
Транспортные пилотируемые корабли «Союз МС» оснащены усовершенствованной системой управления движением и навигацией, а также модернизированной системой стыковки и внутреннего перехода. Усовершенствовали инженеры и систему электропитания: увеличена площадь и мощность фотоэлементов - солнечные батареи будут вырабатывать больше энергии. Также в составе космического корабля используются новые телевизионная система, система бортовых измерений, средства приземления, система обеспечения теплового режима, система связи и пеленгации.