Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры (ЦЭНКИ) был создан при Российском космическом агентстве в 1994 г. в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 24 августа 1994 г. № 996 «О мерах по обеспечению выполнения Соглашения между Российской Федерацией и Республикой Казахстан «Об основных принципах и условиях использования космодрома «Байконур» от 28 марта 1994 года».
В соответствии с данным постановлением Министерство обороны Российской Федерации приступило к передаче Российскому космическому агентству объектов космодрома «Байконур» в целях реализации Федеральной космической программы России.
Распоряжением Правительства РФ от 5 июня 2000 года № 770-р ЦЭНКИ был преобразован в федеральное государственное унитарное предприятие «Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры».
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12 декабря 2005 г. № 1442 и постановлением Правительства Российской Федерации от 28 декабря 2005 г. № 823 осуществлена реорганизация ФГУП «ЦЭНКИ» и ФГУП «НИИ ПМ им. академика В.И. Кузнецова» в форме присоединения института к центру. Данное присоединение обеспечило оздоровление экономического состояния института, позволило начать модернизацию его испытательной базы и производства и обеспечить ежегодный выпуск более двух десятков наименований гироскопических приборов и бесплатформенных систем для ракетно-космической промышленности.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12 октября 2006 г. № 1141 и распоряжением Правительства Российской Федерации от 28 декабря 2005 г. № 2324-р продолжился поэтапный прием Роскосмосом от Минобороны России объектов комплекса «Байконур», а в целях реализации Указа Президента Российской Федерации от 30 апреля 2008 г. № 658 «О расформировании 5 Государственного испытательного космодрома Министерства обороны Российской Федерации» прием объектов и задач был полностью завершен в 2008 году.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 16 декабря 2008 г. № 1784 и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 января 2009 г. № 54-р ФГУП «ЦЭНКИ» реорганизовано в форме присоединения к нему следующих ФГУП: «Конструкторское бюро общего машиностроения им. В.П. Бармина», «Конструкторское бюро «Мотор», «Конструкторское бюро транспортного машиностроения», «Конструкторское бюро транспортно-химического машиностроения», «ОКБ «Вымпел» и «Федеральный космический центр «Байконур».
Данная реорганизация проведена в целях сохранения и развития научно-производственного и технологического потенциала российской ракетно-космической промышленности, концентрации и эффективного использования интеллектуальных, производственных и финансовых ресурсов для реализации программ создания космических и наземных систем, повышения качества эксплуатации объектов космодрома Байконур и работ по проведению запусков космических аппаратов.