ТПК «Союз ТМА-16М» доставит на околоземную орбиту российских космонавтов Геннадия Падалку - командира экипажа, бортинженера экспедиции МКС-43, командира экспедиции МКС-44, Михаила Корниенко - бортинженера ТПК и экспедиций МКС-43, МКС-44, МКС-45, МКС-46, а также американского астронавта Скотта Келли - бортинженера ТПК, бортинженера экспедиции МКС-43/44 и командира экспедиции МКС-45/46.

Основные задачи полета:

участие в операциях по управлению полётом и стыковкой ТПК «Союз ТМА-16М» с МКС к малому исследовательскому модулю «Поиск» (МИМ2); совместная работа по программе экспедиции МКС-43; продолжение работы экипажа по программе МКС-44; перестыковка корабля «Союз ТМА-16М» с малого исследовательского модуля «Поиск» (МИМ2) на агрегатный отсек служебного модуля «Звезда» (АО СМ); подготовка к возвращению на Землю одного члена экипажа экспедиции МКС-43/44 и двух членов экипажа 18-й экспедиции посещения на корабле «Союз ТМА-16М».

Транспортный пилотируемый корабль новой серии «Союз ТМА-М» с модернизированными системами разработан ОАО «РКК «Энергия» имени С. П. Королева» на базе корабля «Союз ТМА» по заказу Федерального космического агентства.  Работы по созданию модернизированного корабля велись с 2005 года. Целью разработки корабля новой серии является обеспечение выполнения современных требований к надежности пилотируемых кораблей и безопасности экипажа. Предпосылками к модернизации систем стало моральное старение аппаратуры и технологии изготовления, а также прекращение выпуска ряда комплектующих.

Модернизация позволила:

• улучшить эксплуатационные характеристики корабля;
• решить проблему обеспечения гарантированных поставок ключевых служебных систем;
• уменьшить массу и занимаемый объём.

Основными модернизируемыми системами стали система управления движением и навигации (СУДН) и система бортовых измерений (СБИ). В результате модернизации бортовых систем произведена замена бортового оборудования СУДН и СБИ приборами на основе современных бортовых вычислительных средств с развитым программным обеспечением: всего заменено 36 устаревших приборов на 19 приборов новой разработки.
Для обеспечения управления, электропитания и термостатирования вводимых приборов новой разработки проведены сопутствующие доработки систем управления бортовым комплексом (СУБК) и обеспечения теплового режима (СОТР). Кроме того были проведены дополнительные усовершенствования конструкции корабля (направленные на повышение технологичности его изготовления), а также доработки интерфейсов корабля с МКС.
В результате всех доработок масса корабля уменьшается на величину около 70 кг, что позволит проводить в дальнейшем доработки корабля для повышения его надежности (например, увеличение энергоемкости системы электропитания за счет установки дополнительного блока питания, установки дополнительной метеороидной защиты на бытовом отсеке корабля и т.д.). 
«Союз ТМА», на базе которого создан «Союз ТМА-М», в свою очередь является модификацией корабля «Союз ТМ», отличающегося высокой надежностью и безопасностью полёта для экипажа, о чем свидетельствуют все запуски этого корабля, проведенные в период с 1986 года по 2002 год в целях обслуживания орбитальных станций. 
«Союз ТМА-М» создан согласно межгосударственным соглашениям России и США и является составной частью комплекса орбитальной станции. 
Корабль «Союз ТМА-М» в случае возникновения аварийных ситуаций на борту МКС является основным средством спасения её экипажа, а также средством доставки экипажей российских экспедиций посещения станции. 

Корабль состоит из трех отсеков: 

1 - бытового (орбитального), 
2 - спускаемого аппарата (СА), 
3 - приборно-агрегатного отсека. 

В процессе полёта корабль выполняет следующие задачи: 

• доставка на станцию экипажа численностью до трех человек и полезных грузов (научно-исследовательской аппаратуры, личных вещей космонавтов, ремонтного оборудования для станции и т. п.); 
• постоянное дежурство корабля на станции в период её пилотируемого полёта в готовности к срочному спуску экипажа основной экспедиции на Землю в случае опасной ситуации на станции, заболевания или травмы космонавта и т. п. (функция корабля-спасателя); 
• плановый спуск экипажа на Землю (состав экипажа корабля при доставке и возвращении может меняться); 
• доставка на Землю полезных грузов относительно небольшой массы и объема (результатов работы экспедиции, личных вещей и др.); 
• удаление отходов со станции в бытовом отсеке, сгорающем в атмосфере при спуске.