15 марта 2016 года Росавиация ввела ограничения в действие Сертификата эксплуатанта ООО «Авиакомпании Когалымавиа» в части запрета на выполнение внутренних и международных полетов. Основанием для принятия данного решения послужил вывод комиссии о нахождении Авиакомпании в неудовлетворительном финансово-экономическом состоянии, что может не позволить эксплуатанту безопасно выполнять коммерческие воздушные перевозки в соответствии с требованиями ФАП-246. Плановая инспекционная проверка была проведена специалистами Росавиации в период с 18 по 20 февраля 2016 года. Ограничения в действие сертификата эксплуатанта не являются основанием приостановления деятельности Авиакомпании и могут быть сняты Росавиацией в течение 40 дней с момента подачи соответствующей заявки, согласно ФАП-246. Руководство Авиакомпании в настоящее время принимает конструктивные меры для изменения финансово-экономического состояния, что позволит компании со своей стороны подать заявление в Росавиацию на снятие ограничений. Финансовые трудности возникли в компании после террористического акта 31 октября 2015 года, запретов на полеты и последующую отмену программ полетов в Арабскую Республику Египет и Турцию.