29 декабря 2016 года Президент России подписал Указ "Об упразднении Федерального агентства специального строительства". Все предприятия Федерального агентства специального строительства продолжат работу в составе Министерства обороны Российской Федерации. Согласно заявлению вице-премьера Д. Рогозина причиной упразднения агентства явились проблемы при строительстве космодрома Восточный.