В соответствии с программой полёта Международной космической станции (МКС) 28 декабря 2017 года транспортный грузовой корабль (ТГК) «Прогресс МС-06» отстыковался от МКС.

По штатной программе расхождения объектов ТГК «Прогресс МС-06» отошёл от агрегатного отсека служебного модуля «Звезда» (СМ) российского сегмента МКС в 04 час. 03 мин. 30 сек. мск. В соответствии с расчётами специалистов службы баллистико-навигационного обеспечения Центра управления полётами (ЦУП) маршевый двигатель ТГК «Прогресс МС-06» был включен на торможение в 07 час. 10 мин. 33 сек. мск. Спустя 3 мин. 32 сек. двигатель завершил работу, и корабль перешёл к снижению с рабочей орбиты. В 07 час. 43 мин. мск транспортный грузовой корабль «Прогресс МС-06» вошёл в атмосферу Земли. Согласно расчётам баллистиков ЦУП падение несгораемых элементов конструкции корабля состоялось в 07 час. 52 мин. мск в несудоходном районе Тихого океана. Транспортный грузовой корабль «Прогресс МС-06» находился в составе орбитальной станции с 16 июня 2017 года.