В соответствии с программой полета Международной космической станции (МКС) 31 января 2017 года транспортный грузовой корабль (ТГК) «Прогресс МС-03» отстыковался от МКС. По штатной программе расхождения объектов ТГК «Прогресс МС-03» отошел от стыковочного отсека «Пирс» (СО-1) российского сегмента МКС в 17:25 мск. В соответствии с расчетами специалистов службы баллистико-навигационного обеспечения Центра управления полетами (ЦУП) маршевый двигатель ТГК «Прогресс МС-03» будет включен на торможение в 20:34 мск. Спустя 3 минуты двигатель завершит работу и корабль перейдет к снижению с рабочей орбиты. В 21:10 мск ТГК «Прогресс МС-03» войдет в атмосферу Земли. Согласно расчетам баллистиков ЦУП падение несгораемых элементов конструкции корабля должно состояться в 21:24 мск в несудоходном районе акватории Тихого океана.