У компании есть офис в другом городе. В ЕГРЮЛ филиал не зарегистрирован. Руководство уверено: значит, право на упрощенку в безопасности.

Но ФНС смотрит не только в реестр. В другом офисе работают более 70% сотрудников, там обслуживают клиентов и оформляют документы. Инспекция признает подразделение фактическим филиалом, а суд поддерживает доначисление более 30 миллионов рублей налога на прибыль.

А вот формально зарегистрированный филиал, который существует лишь на бумаге, может не дать компании права досрочно отказаться от УСН. Где же проходит граница между обычным обособленным подразделением и филиалом? Разбираем парадоксы судебной практики и актуальные правила.

Сведения о филиалах обязательно отражаются в ЕГРЮЛ, но могут содержаться и в уставе (особенно если компания использует старую редакцию). Казалось бы, есть запись — есть филиал. Но Верховный суд РФ смотрит на суть.

В пункте 3 Обзора судебной практики ВС РФ от 04.07.2018 описана любопытная ситуация. Компания формально создала филиал, чтобы досрочно отказаться от УСН, перейти на общую систему (ОСНО) и претендовать на возмещение НДС.

Инспекция с таким переходом не согласилась. Суды установили, что филиал фактически не создан: у него не было ни персонала, ни реальных функций. В итоге суд поддержал налоговый орган и не дал компании использовать фиктивную структуру для получения налоговой выгоды.

Вывод: формальная запись при отсутствии реальных признаков не всегда влечет налоговые последствия. Но и легального способа «слететь» с УСН по своему желанию таким образом не существует.

Гораздо опаснее обратная ситуация: вы фактически создали филиал, но «забыли» его оформить.

Яркий пример 2026 года — дело КПК «Траст Эвент Клаб» (Постановление АС Московского округа от 10.04.2026 № Ф05-2988/26 по делу № А40-24563/2025, определение ВС РФ от 02.06.2026 № 305-ЭС26-5241).
В Челябинске работало подразделение, которое в ЕГРЮЛ филиалом не числилось. Но суды посмотрели на факты:

• там работало более 70% сотрудников кооператива;

• арендованное помещение было больше, чем головной офис;

• преимущественно там обслуживались пайщики.

Суд признал: подразделение фактически выполняло функции филиала. Итог — утрата права на УСН и доначисление 30 635 073 рубля налога на прибыль. Верховный суд отказал в передаче жалобы на пересмотр.

Важное уточнение: в этом же деле были колоссальные претензии по НДФЛ (более 250 млн рублей), но они связаны с самостоятельными нарушениями кооператива, а не с наличием филиала. Не нужно думать, что один лишь факт скрытого филиала автоматически генерирует штрафы на сотни миллионов.

Есть и третий сценарий, когда компании пытаются обмануть систему.

В деле ООО «Вилрус» (Постановление АС Северо-Кавказского округа от 29.10.2024 № Ф08-6979/2024 по делу № А53-30287/2023) компания формально создала филиал, чтобы перейти с УСН на ОСНО и получить вычеты по НДС.

Инспекция выяснила, что подразделение фактически не работает. Суды поддержали отказ в применении вычетов. Итог для компании: доначисленный НДС 105 326 рублей и штраф 42 130 рублей.

Сопоставьте два дела: в одном реальный, но не оформленный филиал привел к доначислениям на 30 млн рублей, а в другом искусственно созданный филиал не позволил получить даже небольшой вычет НДС.

Многие бухгалтеры по старинке считают, что при потере УСН налоги пересчитываются с начала года. Это опасное заблуждение.

Согласно п. 4 ст. 346.13 НК РФ, организация теряет право на УСН с первого числа месяца, в котором допущено несоответствие условиям.

Пример: Если фактически филиал начал работать 17 августа 2026 года, то право на УСН утрачено с 1 августа 2026 года. (Примечание: в деле КПК проверялись периоды 2020–2023 годов, поэтому к ним применяются старые ставки, но для 2026 года правила и ставки уже другие).

И считаем доначисления по актуальным ставкам 2026 года:

• Налог на прибыль: основная ставка 25%.

• НДС: основная ставка 22%.

Прибавьте к этому пени и штрафы. Суммы получаются очень внушительными.

Если право на УСН утрачено в августе 2026 года, вам нужно успеть сдать отчетность и заплатить налог. Сроки жесткие:

1. Уведомление об утрате права на УСН. Представить не позднее 15 октября 2026 года. Внимание: с 31 июля 2026 года действует обновленная форма уведомления (приказ ФНС от 30.04.2026 № ЕД-1-3/285@). Старый образец использовать нельзя.

2. Декларация по УСН. Сдать не позднее 26 октября 2026 года (с учетом переноса с выходного дня).

3. Налог по УСН. Заплатить за период применения режима не позднее 28 октября 2026 года.

Если филиал числится в ЕГРЮЛ или уставе, но по факту не работает, его нужно закрывать. Просто «забыть» о нем нельзя. Вот алгоритм с учетом сроков:

1. Проведите внутренний аудит. Проверьте, не числятся ли за филиалом работники, имущество, обязательства перед контрагентами и регистрация в качестве страхователя. Одной формы Р13014 для решения всех сопутствующих вопросов недостаточно.

2. Примите решение о прекращении деятельности. Срок определяется вашей корпоративной процедурой.

3. Уведомьте налоговую о закрытии. Подайте сообщение по форме С-09-3-2 в течение 3 рабочих дней после решения.

4. Внесите изменения в ЕГРЮЛ. Если устав менять не нужно, подайте заявление по форме Р13014 в течение 7 рабочих дней.

5. Обновите устав (если нужно). Если сведения о филиале есть в уставе, потребуется изменить его редакцию и пройти полную процедуру регистрации изменений.

Важное предупреждение: закрытие филиала сегодня не гарантирует автоматического устранения налоговых рисков за предыдущие периоды. Дату фактического начала (или отсутствия) деятельности нужно исследовать отдельно.

Филиал по статье 55 ГК РФ — это не просто офис в другом городе, несколько работников или договор аренды. Это обособленное подразделение, выполняющее функции головной организации. Суды оценивают совокупность обстоятельств, и результат всегда зависит от качества доказательств.

Если вы не уверены в правовом статусе своих обособленных подразделений или столкнулись с претензиями ФНС, лучше оценить риски до того, как инспекция выставит требования.

Записаться на разбор вашей ситуации и аудит структуры компании можно здесь: https://taplink.cc/nalogpro

Евгений Сивков (sivkov.biz), кандидат экономических наук, налоговый консультант.