Доступен выпуск операционной системы Qubes 4.3.2, реализующей идею использования гипервизора для строгой изоляции приложений и компонентов ОС (каждый класс приложений и системные сервисы работают в отдельных виртуальных машинах). Для работы рекомендуется система с 16 Гб ОЗУ (минимум - 6 Гб) и 64-разрядным CPU Intel или AMD с поддержкой технологий VT-x c EPT/AMD-v c RVI и VT-d или AMD IOMMU, желательно наличие GPU Intel (GPU NVIDIA и AMD недостаточно хорошо протестированы). Размер установочного образа - 8 ГБ (x86_64).

Приложения в Qubes разделены на классы в зависимости от важности обрабатываемых данных и решаемых задач. Каждый класс приложений (например, работа, развлечения, банковские операции), а также системные сервисы (сетевая подсистема, межсетевой экран, работа с хранилищем, USB-стек и т.п.), работают в отдельных виртуальных машинах, запускаемых с использованием гипервизора Xen. При этом указанные приложения доступны в рамках одного рабочего стола и выделяются для наглядности разным цветом обрамления окна. Каждое окружение имеет доступ на чтение к базовой корневой ФС и локальному хранилищу, не пересекающемуся с хранилищами других окружений, для организации взаимодействия приложений используется специальный сервис.

В качестве основы для формирования виртуальных окружений может применяться пакетная база Fedora и Debian, также сообществом поддерживаются шаблоны для Ubuntu, Gentoo и Arch Linux. Возможна организация доступа к приложениям в виртуальной машине с Windows, а также создание виртуальных машин на базе Whonix для обеспечения анонимного доступа через Tor. Пользовательская оболочка построена на основе Xfce. Когда пользователь запускает из меню приложение, это приложение стартует в определенной виртуальной машине. Содержание виртуальных окружений определяется набором шаблонов.